H σύσταση του τμήματος κολύμβησης – υδατοσφαίρισης του ΓΣ Απόλλων Σμύρνης, αποφασίστηκε, στο πλαίσιο της ανάπτυξης νέων αθλητικών τμημάτων του Συλλόγου, τον Δεκέμβριο του 2013.
Το σπουδαίο αυτό εγχείρημα έγινε πράξη υλοποιώντας την ιδέα και το όραμα της αθλητικής οικογένειας Αφρουδάκη και ειδικότερα του Γιώργου και του Ζάχου, οι οποίοι ανέλαβαν, σε συνεργασία με τον Ερασιτέχνη, την ευθύνη για τη σύσταση, σχεδιασμό και λειτουργία των ακαδημιών κολύμβησης – υδατοσφαίρισης, όπως και της αντρικής ομάδας υδατοσφαίρισης.
Η υλοποίηση της απόφασης δημιουργίας αγωνιστικού τμήματος πρακτικά ξεκίνησε τον Ιανουάριο του 2014 με την υποβολή αίτησης εγγραφής του Συλλόγου στην Κολυμβητική Ομοσπονδία Ελλάδος η οποία και εγκρίθηκε ομόφωνα στη Γενική Συνέλευση της ΚΟΕ που έγινε στα τέλη Μαρτίου του ίδιου έτους.
Ο Γιώργος και ο Ζάχος Αφρουδάκης σε πολύ σύντομο χρονικό διάστημα συγκρότησαν την ομάδα με προπονητή, φυσιοθεραπευτή και παίκτες με κύρια χαρακτηριστικά την εμπειρία και το ήθος και χωρίς καμία ανταμοιβή, οικονομική ή υλική.